بررت المبادرة الوطنية مقاطعتها لأعمال الدورة التاسعة والعشرين للمجلس المركزي الجديد، بسبب الاستمرار في عدم تنفيذ قرارات المجلس الوطني والمجالس المركزية السابقة، وبسبب عدم إجراء مشاورات جدية تنسجم مع مبادئ الشراكة الوطنية مع فصائل منظمة التحرير الفلسطينية للتحضير لهذه الدورة.
وأكدت حركة المبادرة تمسكها واعتزازها بعضويتها في منظمة التحرير ومؤسساتها، وبضرورة العمل المشترك على تفعيل دور المنظمة الوطني التحرري، والوحدوي كإطار جامع لكل القوى الفلسطينية وممثل شرعي وحيد للشعب الفلسطيني، على أساس الاحترام الدقيق لقوانينها، وأن عدم المشاركة في هذه الدورة هدفه التأكيد على الضرورة الملحة لتنفيذ كافة القرارات التي اتخذتها المجالس السابقة وخاصة قرار الغاء الاجراءات المتعلقة بقطاع غزة، بما فيها الغاء اقتطاعات رواتب العاملين والأسرى، وهو قرار أقره المجلس الوطني بالإجماع ولم ينفذ، وكذلك قرارات وقف التنسيق الأمني والتنصل من كافة الاتفاقات التي خرقتها إسرائيل.